Naast voordelen is er ook een aantal belangrijke nadelen. Er kan bijvoorbeeld maar eenmaal geprofiteerd worden van het 20%-vennootschapsbelastingtarief over de eerste € 200.000 belastbare winst. Over het meerdere is 25% belasting verschuldigd. Zijn er binnen de fiscale eenheid meerdere bv's met een winst boven de € 200.000 dan kan dus maar één keer gebruik worden gemaakt van het 20%-tarief. Zo kan het voordeel van een fiscale eenheid omslaan in een nadeel.
Let op!
Een ander belangrijk nadeel is dat iedere bv hoofdelijk aansprakelijk is voor de totale belastingschuld van de fiscale eenheid.
Ook voor de investeringsaftrek kan een nadeel optreden. Deze wordt namelijk beperkt doordat de investeringen van alle deelnemende bv's bij elkaar worden opgeteld.